全转录组测序鉴定坐骨神经损伤大鼠脊髓中的

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发表期刊

FrontiersinMolecularNeuroscience

影响因子

5.

研究背景

神经性疼痛(NeuropathicPain,NP)是由神经系统损伤引起的,与感官代谢通路中的基因表达变化密切相关。近年来,NP患病人数急剧增加。最近的研究表明,ncRNA在神经性疼痛的发病过程中起着至关重要的作用,然而其作用机制尚不清楚。

研究材料

a、12只SD大鼠随机分为CON组和SNI组,每组各6只,其中SNI组进行坐骨神经分支结扎手术。

b、在结扎手术前3h,及术后1、3、7和14天,分别用触痛仪、足底测试仪测试大鼠反应。

C、取术后14天的CON组与SNI组大鼠L4-5脊髓,进行全转录组测序。

研究结果

1.差异表达ncRNA,mRNA分析

术后14天的SNI组大鼠L4-5脊髓相较于CON组,共鉴定出个差异表达(DE)lncRNAs(15个上调,个下调),个DEcircRNAs(68个上调,个下调),12个DEmiRNAs(6个上调,6个下调)。个DEmRNAs(个上调,个下调)。分别预测DElncRNAs,circRNAs,miRNAs的靶基因。

2.qRT-PCR验证测序结果

分别取两个lncRNA,circRNAs,miRNAs,mRNAs进行qRT-PCR,结果表明,定量结果与二代测序结果一致。

3.差异ncRNA功能预测

将差异表达lncRNA,circRNAs,miRNAs的靶基因,以及差异表达lncRNA,miRNAs共有的靶基因,分别进行GO和KEGG富集分析。通过共表达,共位置分析预测的DElncRNAs靶基因显著富集到发育过程(biologicalprocess,BP),细胞膜囊泡(cellular



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